La raccolta e conservazione dei documenti e delle registrazione delle assemblee, iniziate negli anni della parrocchia e proseguite con la comunità, divenne – grazie al lavoro di Sergio Gomiti – un’attività sempre più strutturata: nacque un vero e proprio Archivio storico che testimonia la vita non solo della Comunità dell’Isolotto ma anche di diverse altre comunità di base, tanto che nel 2004 è stato dichiarato di “particolare interesse storico” dal Ministero per i Beni e le Attività culturali. L’attenzione alla memoria, lungi dall’avere connotati di nostalgia ha un significato profondo; poggia sulla convinzione che nella società dominata dall’individualismo e dal liberismo che ci vuole ignari e sconnessi da ogni storia collettiva, il mantenimento di una memoria vitale è uno strumento di lotta e di resistenza importante. Nel 2011 Enzo Mazzi scriverà: “Per la strategia liberista la gente deve scordare il suo passato sociale e non avere altro ideale e identità che la religione del danaro”.
Nel 1985 Silvano Piovanelli, che fu amico di Enzo e Sergio ai tempi del Seminario, divenne cardinale e poco dopo chiese di incontrare la Comunità. L’incontro si svolse all’Isolotto in un clima di reciproco ascolto e si concluse parole di apprezzamento: “Devo ringraziarvi perché ci siete”. Ma non iniziò una stagione di distensione, seguì un lungo silenzio interrotto solo da alcune lettere a Enzo e Sergio in cui comunicava il loro depennamento dall’elenco dei sacerdoti diocesani (e alla richiesta di spiegazioni non ci fu risposta). Piovanelli incontrò ancora la comunità nel 1988 in vista del Sinodo diocesano previsto per il 1992 nella chiesa dell’Isolotto. La Comunità non fu invitata ma inviò un testo in cui si esortava la Curia a rivedere il proprio recente passato, dalle esperienze di don Milani e p. Balducci a quelle delle comunità dell’Isolotto e del Vingone. Il cardinale al termine del Sinodo lesse il testo, accolto con un lungo applauso. Seguirono altri incontri, ma restò l’impressione che la stima e l’amicizia che legava Piovanelli a Mazzi e a Gomiti non poté incidere sulla Curia. Sembra dirlo lo stesso Piovanelli nella lettera inviata a Enzo nel 1999 in cui scrive: «mi domando sempre se…ti ho amato abbastanza».
Lungo il percorso della comunità si è affermato il valore della laicità in ogni ambito e si è espresso il dissenso verso il Concordato, l’8×1000, l’insegnamento della religione cattolica nella scuola pubblica, la gestione autoritaria del sacro. Nel 1987 si tenne a Firenze il Convegno nazionale delle Comunità di base dal titolo “Laicità nella società, nello Stato, nella Chiesa”, con interventi tra gli altri di p. Balducci, Ciro Castaldo, Hans Kung, Pietro Ingrao, Lidia Menapace.